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適用于血漿樣本的微量文庫構(gòu)建試劑盒推薦

更新時間：2020-11-10瀏覽：1204次

高品質(zhì)的游離DNA (cell free DNA) NGS文庫構(gòu)建
ThruPLEX® Plasma-Seq Ki
· 專為cfDNA設(shè)計：經(jīng)過優(yōu)化的修復(fù)及連接試劑
· 高品質(zhì)NGS文庫：高的文庫多樣性，在寬廣的GC含量范圍內(nèi)，可以達(dá)到高檢測再現(xiàn)性
· 起始量范圍廣：＜1 ng到30 ng cfDNA量
· 快速簡便：1個反應(yīng)管、2小時、3步反應(yīng)的簡單操作，無需純化或樣品轉(zhuǎn)移步驟
· 應(yīng)用領(lǐng)域：液態(tài)活檢、ctDNA、目標(biāo)區(qū)域測序等領(lǐng)域文庫構(gòu)建
· 兼容自動化平臺：Beckman FXP Workstation
 
■ 產(chǎn)品說明：

ThruPLEX Plasma-seq Kit基于ThruPLEX技術(shù)，并用于血漿來源cfDNA高品質(zhì)NGS文庫構(gòu)建。該試劑已針對cfDNA進(jìn)行了專門優(yōu)化，在保持樣本GC代表性的基礎(chǔ)上，盡可能的提升了文庫的復(fù)雜度。文庫可用于CNV分析、全基因組測序分析或是采用一些panel針對目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行捕獲富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect and Roche NimbleGen SeqCap EZ。
ThruPLEX Plasma-Seq Kit不包含index。兼容的 Index如下所述，需要單獨購買。
使用 ThruPLEX Plasma-Seq試劑盒制備的文庫，提供了更高的靈敏度，可以更好地了解血漿樣本中基因變異結(jié)果。與其它液態(tài)活檢的樣品一樣，血漿由于其易獲得、價值高的特點，在某些研究領(lǐng)域，如對腫瘤學(xué)的轉(zhuǎn)化研究或者對孕婦血漿中胎兒游離DNA的發(fā)育學(xué)研究，深受科研工作者的重視。

 

 

 
圖1. ThruPLEX® 技術(shù)概要。ThruPLEX Plasma-seq Kit技術(shù)3步反應(yīng)即可完成針對cell free DNA的建庫工作。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的進(jìn)行末端修復(fù)。通過采用莖環(huán)形接頭（無單鏈尾巴）進(jìn)行高效平端連接，降低了背景。封閉的5’端阻止了接頭-接頭二聚體形成。隨后未使用的接頭被降解，進(jìn)一步降低背景。高保真度擴(kuò)增的方式完成以上反應(yīng)，并獲得含有illumina index的文庫。
（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）
 
圖2. 高cfDNA文庫多樣性、更少的Unmapped Reads。ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫，具有高的多樣性和低的duplicates和unmapped reads。圖中表示cfDNA分別提取于3份血漿樣品，文庫定量采用Qubit熒光定量。Bioanalyzer測定mononucleosomal DNA在各樣品的量分別為0.09 ng、0.62 ng、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式測序，且每個文庫產(chǎn)生17 M到25 M reads。每個文庫在down-sampling數(shù)據(jù)至17 M reads以后，計算Duplication rates。
（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）
 
圖3. 優(yōu)異的靶向測序文庫構(gòu)建能力。圖中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫通過panel進(jìn)行高效捕獲，對kinome進(jìn)行深度測序分析以檢測突變。3個血漿樣品分別起始建庫量為5 ng、6.5 ng、10 ng，三次重復(fù)。目標(biāo)區(qū)域采用SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel進(jìn)行捕獲，并用Illumina Miseq平臺進(jìn)行測序，平均每個文庫獲得5 M reads，目標(biāo)堿基被成功捕獲分析。
（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）
 
圖4. 高重復(fù)性的、無偏倚的GC覆蓋度。針對人類基因組，ThruPLEX Plasma-seq Kit表現(xiàn)出高再現(xiàn)性、低偏倚GC覆蓋度NGS文庫構(gòu)建能力。9次獨立的血漿樣品文庫構(gòu)建的實驗結(jié)果表明，ThruPLEX重復(fù)性高于其它產(chǎn)品。文庫的制備是利用的1 mL血漿來源cfDNA，后續(xù)采用illumina NextSeq 500進(jìn)行測序。作為對比，A公司試劑構(gòu)建了4份獨立血漿樣品的文庫。 
（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）
 
圖5. Karolinska協(xié)會和CRUK測試的結(jié)果。5 ng游離cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit進(jìn)行illumina文庫構(gòu)建。結(jié)果表明利用Hiseq平臺進(jìn)行的Low-pass WGS,每個文庫能獲得接近12.5 M reads。 
（*以上數(shù)據(jù)來源于Karolinska 協(xié)會，瑞典）
 
■ 產(chǎn)品組成
· Template Preparation Buffer（Red）
· Template Preparation Enzyme（Red）
· Library Synthesis Buffer（Yellow）
· Library Synthesis Enzyme（Yellow）
· Library Amplification Buffer（Green）
· Library Amplification Enzyme（Green）
· Nuclease-Free Water（Clear）
· Indexing Reagents（Blue）
· Quick Protocol（N/A）
 
■ 保存
－20℃
 
DNA HT dual index kits
DNA HT dual index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫制備試劑盒搭配使用，用以構(gòu)建Illumina測序文庫的index引物試劑盒。這些試劑盒包含Illumina Nextera® XT v2 index序列對應(yīng)的index引物，多可提供384種不同的雙端index，用于樣本混合測序時的區(qū)分。其中index引物預(yù)先分裝在4個不同條形碼標(biāo)記的index微孔板中，每個微孔板可提供不同的96種index組合（Code No.R400660-R400663），index微孔板（96N Sets A-D）的每個孔提供的量足夠進(jìn)行一次測序反應(yīng)；另一種是一套中有24個單獨的反應(yīng)管，每個反應(yīng)管中包含不同的雙端index組合（Code No.R400664），且每個反應(yīng)管（24N）提供的量足夠進(jìn)行兩次測序反應(yīng)。
 
DNA unique dual index kits
DNA unique dual index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫制備試劑盒搭配使用，用以構(gòu)建Illumina測序文庫的index引物試劑盒。這些試劑盒包含“IDT for Illumina UD”對應(yīng)的index引物，多可提供96種不同雙端index，用于樣本混合測序時的區(qū)分。index引物預(yù)先分裝在不同的4組各24個單獨的管中，其中每組可提供24種不同index引物組合（Code No.R400665-R400668）。每個index引物管（24U Sets A-D）提供的量足夠進(jìn)行兩次測序反應(yīng)。
 
DNA single index kits

DNA single index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫制備試劑盒搭配使用，用以構(gòu)建Illumina測序文庫的index引物試劑盒。這些試劑盒包含與“TruSeq LT set A”序列對應(yīng)的index引物，可提供24種單端index，用于樣本混合測序時的區(qū)分。index引物預(yù)先分裝在不同的2組各12個單獨的管中，其中每組可提供12種不同index引物組合（Code No.R400695和R400697）。每個index引物管（12U Sets A-B）提供的量足夠進(jìn)行8次測序反應(yīng)。

 

 

 
圖1. ThruPLEX® 技術(shù)概要。ThruPLEX Plasma-seq Kit技術(shù)3步反應(yīng)即可完成針對cell free DNA的建庫工作。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的進(jìn)行末端修復(fù)。通過采用莖環(huán)形接頭（無單鏈尾巴）進(jìn)行高效平端連接，降低了背景。封閉的5’端阻止了接頭-接頭二聚體形成。隨后未使用的接頭被降解，進(jìn)一步降低背景。高保真度擴(kuò)增的方式完成以上反應(yīng)，并獲得含有illumina index的文庫。
（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）
 
圖2. 高cfDNA文庫多樣性、更少的Unmapped Reads。ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫，具有高的多樣性和低的duplicates和unmapped reads。圖中表示cfDNA分別提取于3份血漿樣品，文庫定量采用Qubit熒光定量。Bioanalyzer測定mononucleosomal DNA在各樣品的量分別為0.09 ng、0.62 ng、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式測序，且每個文庫產(chǎn)生17 M到25 M reads。每個文庫在down-sampling數(shù)據(jù)至17 M reads以后，計算Duplication rates。
（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）
 
圖3. 優(yōu)異的靶向測序文庫構(gòu)建能力。圖中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫通過panel進(jìn)行高效捕獲，對kinome進(jìn)行深度測序分析以檢測突變。3個血漿樣品分別起始建庫量為5 ng、6.5 ng、10 ng，三次重復(fù)。目標(biāo)區(qū)域采用SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel進(jìn)行捕獲，并用Illumina Miseq平臺進(jìn)行測序，平均每個文庫獲得5 M reads，目標(biāo)堿基被成功捕獲分析。
（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）
 
圖4. 高重復(fù)性的、無偏倚的GC覆蓋度。針對人類基因組，ThruPLEX Plasma-seq Kit表現(xiàn)出高再現(xiàn)性、低偏倚GC覆蓋度NGS文庫構(gòu)建能力。9次獨立的血漿樣品文庫構(gòu)建的實驗結(jié)果表明，ThruPLEX重復(fù)性高于其它產(chǎn)品。文庫的制備是利用的1 mL血漿來源cfDNA，后續(xù)采用illumina NextSeq 500進(jìn)行測序。作為對比，A公司試劑構(gòu)建了4份獨立血漿樣品的文庫。 
（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）
 
圖5. Karolinska協(xié)會和CRUK測試的結(jié)果。5 ng游離cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit進(jìn)行illumina文庫構(gòu)建。結(jié)果表明利用Hiseq平臺進(jìn)行的Low-pass WGS,每個文庫能獲得接近12.5 M reads。 
（*以上數(shù)據(jù)來源于Karolinska 協(xié)會，瑞典）
 
■ 產(chǎn)品組成
· Template Preparation Buffer（Red）
· Template Preparation Enzyme（Red）
· Library Synthesis Buffer（Yellow）
· Library Synthesis Enzyme（Yellow）
· Library Amplification Buffer（Green）
· Library Amplification Enzyme（Green）
· Nuclease-Free Water（Clear）
· Indexing Reagents（Blue）
· Quick Protocol（N/A）
 
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