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Qiagen 150343 REPLI-g Single Cell Kit

簡要描述:Qiagen 150343 REPLI-g Single Cell Kit 單細胞全基因組擴增試劑盒采用MDA技術,可均一的擴增單個細胞(1至1000個細菌或腫瘤細胞)或純化的基因組DNA,能夠覆蓋基因組所有位點。擴增產(chǎn)物性質(zhì)穩(wěn)定,可達40 µg(產(chǎn)物平均長度大于>10 kb)。適用于二代測序等新技術應用??捎糜诎┌Y、干細胞或宏觀基因組學(metagenomics)研究。

  • 產(chǎn)品型號:
  • 廠商性質(zhì):生產(chǎn)廠家
  • 更新時間:2024-07-10
  • 訪  問  量:1797
詳細介紹
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應用領域醫(yī)療衛(wèi)生,生物產(chǎn)業(yè),綜合

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產(chǎn)品描述

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QIAGEN

150343

REPLI-g Single Cell Kit 單細胞全基因組擴增試劑盒

24次/盒


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Qiagen 150343 REPLI-g Single Cell Kit 單細胞全基因組擴增試劑盒產(chǎn)品歡迎您致電 華雅再生醫(yī)學旗艦公司:紅榮微再(上海)生物工程技術有限公司 


產(chǎn)品原理

REPLI-g Single Cell Kit 單細胞全基因組擴增試劑盒采用多重置換擴增(MDA,Multiple Displacement Amplification)技術,對所有基因組位點進行無偏差的擴增。與基于PCR的全基因組擴增技術相比,該技術具有更好的擴增保真度,避免出現(xiàn)假陽性或假陰性信號。


儲存條件:-20°C


質(zhì)控

REPLI-g Single Cell Kit 單細胞全基因組擴增試劑盒所有緩沖液和試劑生產(chǎn)都經(jīng)過嚴格控制的流程,避免污染DNA,確保每次實驗獲得可靠的結(jié)果。


安全信息

使用REPLI-g Single Cell Kit 單細胞全基因組擴增試劑盒時,穿戴合適的實驗防護·服,一次性手套和保護手套。詳細信息,參見SDS。


適用樣本

REPLI-g Single Cell Kit 單細胞全基因組擴增試劑盒可使用各種臨床和非臨床研究樣品,包括已純化的基因組 DNA(gDNA)、新鮮或干燥的血液,以及新鮮或冷凍的組織。REPLI-g Single Cell 擴增后DNA 產(chǎn)物平均長度 >10 kb,且完整覆蓋基因組,高度適合也已經(jīng)開發(fā)用于新一代測序(NGS)、芯片法比較基因組雜交(array CGH)或 qPCR 分析。


應用

REPLI-g Single Cell Kit 單細胞全基因組擴增試劑盒適用于分子生物學應用。該產(chǎn)品不適用于疾病的診斷、預防或治療。推薦依據(jù)NIH發(fā)布的重組DNA實驗指南或其他指南使用所有Qiagen產(chǎn)品。

更詳細應用領域:

人 / 動物:生物標志物研究(SNP、突變、CNV),干細胞研究,循環(huán)胎兒細胞的分析(產(chǎn)前檢測篩查),嵌合研究,遺傳易感性研究,轉(zhuǎn)基因動物的分型。

癌癥體細胞遺傳變異分析,腫瘤發(fā)展,腫瘤干細胞 / 進化,循環(huán)腫瘤細胞(CTCs)的分析

細菌:宏基因組學 (Metagenomics),研究病原體分析,微生物基因分型。

植物 * :氣孔研究,花粉分析。

* 無細胞壁的細胞或已純化的基因組 DNA。


下游應用及儀器

全基因組測序、外顯子組測序:新一代測序平臺 ?(Illumina等)

SNP 基因分型芯片、Array CGH:芯片平臺 ?

qPCR/PCR技術:實時定量 PCR/PCR 循環(huán)儀 ?

Sanger 測序:毛細管測序儀 ?

焦磷酸測序:PyroMark®(QIAGEN)

? 多個供應商

例:全基因組測序流程

細胞樣本/基因組DNA——樣本處理——REPLI-g Single Cell Kit擴增——新一代測序


組份規(guī)格



組份

規(guī)格

REPLI-g sc DNA Polymerase (blue lid)

DNA聚合酶(藍蓋)

48 µl

REPLI-g sc Reaction Buffer (yellow lid)

反應緩沖液(黃蓋)

700 µl

Buffer DLB (clear lid)

DLB緩沖液(透明蓋)

1 tube

Stop Solution (red lid)

終止液(紅蓋)

1.8 ml

PBS sc 1x (clear lid)

PBS 1x透明蓋

1.5 ml

DTT, 1 M (lilac lid)

DTT,1M(紫蓋)

1 ml

H2O sc

1.5 ml

Quick Start Protocol

1


需要用戶自備材料

微離心管

水浴或其他加熱儀器

微型離心機

漩渦混合儀(Vortexer)

吸管和吸頭


操作方法選擇

REPLI-g Single Cell Kit 單細胞全基因組擴增試劑盒需要根據(jù)起始樣本選擇對應操作方法


起始樣本

方法

單細胞,2-1000個細胞

方法一:從單細胞擴增全基因組DNA

純化基因組DNA(1-10ng)

方法二:純化基因組DNA擴增


其他起始樣本:血漿血清、活檢、需要高通量擴增的樣本等參見其他對應說明書。



操作流程



方法*程

細胞樣本——加入變性混合液——65°C孵育10min——加入終止液——加入Master混合液——30°C孵育8h,65°C 終止3min——獲得擴增DNA


方法二流程

純化基因組DNA——加入變性混合液——15-25°C孵育3min——加入neutralization混合液——加入Master混合液——30°C孵育8h,65°C 終止3min——獲得擴增DNA


方法一:從單細胞擴增基因組DNA

實驗開始前注意事項

1.適用樣本:1-1000個完整細胞

這個方法適用于所有物種的單細胞樣本,如:脊椎動物,細菌(革蘭氏陽性菌和陰性菌),植物(細胞壁已脫),分選細胞,組織培養(yǎng)細胞和細胞。

不適用樣本:福爾馬林固定樣本或其他使用交聯(lián)劑固定的樣本,如:從福爾馬林固定石蠟包埋組織中激光顯微切割得到的單細胞樣本。

2.小心試劑不要被外源DNA污染。如:使用干凈獨立吸頭吸管,在無外源DNA地方進行反應操作。

3.純化基因組DNA擴增參見方法二。

4.聚合酶要在冰上解凍(見步驟6)。其他成分可以室溫解凍(15–25°C)。

5.配制的D2緩沖液(變性緩沖液)存放不要超過3個月。

6.陰性對照(無模板)的DNA產(chǎn)量約 40 µg。因為REPLI-g 的單細胞擴增反應中,引物二聚體的隨機擴增得到高分子量的DNA產(chǎn)物。這一DNA不會影響實際樣本質(zhì)量,也不會影響下游分析造成陽性結(jié)果。


開始前準備

試劑預處理

1.DLB緩沖液加500µl試劑盒的水混勻,稍微離心溶解。

注意:重組的DLB緩沖液–20°C能放6個月。

Buffer DLB is pH-labile.

2.所有緩沖液和試劑使用前都要用漩渦混合器充分混勻。

儀器預設

3.水浴,heating block或熱循環(huán)儀溫度設為30°C

如果熱循環(huán)儀帶加熱蓋,蓋子溫度設為70°C。


步驟

一 變性

1.按表1配制足量(整個擴增流程所需)D2緩沖液(變性緩沖液)。

注意:表中提供的D2緩沖液用量足夠進行12次反應。沒用完的D2緩沖液–20°C 存放,但不要存放超過3個月。


表1.D2緩沖液配制

成分

體積

DTT, 1 M

3 µl

Buffer DLB (reconstituted)

DLB緩沖液(重組,見“開始前準備")

33 µl

總體積

36 µl


2. 4 µl樣本細胞(含PBS)加入微離心管。如果細胞不夠4 µl,加PBS sc補齊。

注意:REPLI-g單細胞擴增試劑盒提供的PBS sc量不夠用于樣本細胞的連續(xù)稀釋。

可以使用0.5 µl 全血。(Alternatively, 0.5 µl whole blood can be used.

3.加入3 µl 配制的D2緩沖液。小心輕彈試管混勻,稍微離心。

注意:確保樣本細胞沒有貼在緩沖液線上的管壁。

4.65°C孵育10min。

  1. 加入3 µl 終止液。小心輕彈試管混勻,稍微離心。冰上保存。

二 擴增

6.冰上解凍REPLI-g sc DNA聚合酶。其他成分室溫解凍,漩渦振蕩后稍微離心。

解凍后REPLI-g sc反應緩沖液可能會形成沉淀,漩渦振蕩10s可以溶解沉淀。

7.按表2配制master混合液?;靹?,稍微離心。

要點:嚴格按照表2所列順序配制。加入水和反應緩沖液后,稍微漩渦振蕩和離心后再加入DNA聚合酶。

注意:一次性進行多次反應時,根據(jù)反應數(shù)量等比例增加用量。DNA聚合酶加好后maste混合液要立即投入使用。


表2:master混合液配制

成分

體積/反應

H2O sc

9 µl

REPLI-g sc Reaction Buffer

反應緩沖液

29 µl

REPLI-g sc DNA Polymerase

DNA聚合酶

2 µl

總體積

40 µl

多次反應,根據(jù)反應數(shù)量等比例增加劑量并增加10%。


8.每次反應,10 µl 變性DNA(步驟5)加入40 µl master 混合液。

9.30°C孵育8h。

30°C孵育后,水浴或其他加熱儀可以改設為65°C方便步驟10使用。

注意:如果使用帶加熱蓋的熱循環(huán)儀,蓋子溫度設為70°C。

10.DNA聚合酶65°C滅活3min。


擴增產(chǎn)物儲存

11.如果不直接使用,擴增所得DNA 短期儲存在4°C,長期儲存在–20°C。

使用REPLI-g Single Cell Kit 單細胞全基因組擴增試劑盒的DNA可以當作基因組DNA(zui低凍融循環(huán)),因此推薦zui低核酸儲存密度為100 ng/µl

注意:避免多次反復凍融以確保DNA質(zhì)量。


下游應用樣本處理

12.依照說明書用水或TE適量稀釋擴增DNA。用于PCR分析的擴增DNA按1:100稀釋,每次PCR反應使用2 µl 稀釋后DNA。

13.擴增DNA可用于一系列下游應用,包括:第二代測序,array CGH和定量PCR。

注意:每50 µl典型反應的DNA產(chǎn)量約40 µg,需要正確稀釋。擴增DNA定量見附件A。


方法二:純化基因組DNA擴增

略。詳情參見原版說明書。中文版翻譯可咨詢紅榮微再。


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